健康管理师证书考试分为两门科目，分别是《基础知识》和《操作技能》，两个科目满分均为100分，各科目合格标准均为60分。

《基础知识》主要考察健康管理概论、临床医学、预防医学、常见慢性病、流行病学、健康教育、营养与食品安全、运动学、健康信息学等方面的知识；而《操作技能》则主要考察健康管理师在实践中所需的基本操作技能。