食品质量管理师证书考试内容包括食品营养基础知识、食品危害基础知识、食品安全相关法律知识准备、食品安全相关标准知识储备、食品企业安全管理制度制定、食品安全企业标准的制定、基础设施和环境管理、人员管理、食品生产安全管理、餐饮服务安全管理、食品经营安全管理等。

理论考试主要考察考生对食品质量管理理论、食品安全规范、食品检验检测技术等方面的掌握程度，实践考试则主要考察考生在实际操作中运用所学知识解决问题的能力，具体考试内容和难度因颁发部门、报考地区和等级而异。