健康管理师是2005年10月劳动和社会保障部第四批正式发布的11个新职业之一，2005年12月，劳动和社会保障部425号文件《关于同意将医疗救护员等2个新职业纳入卫生行业特有职业范围的函》将健康管理师列为卫生行业特有职业(工种)归入原卫生部进行管理，国家卫生健康委人才交流服务中心负责该职业的职业技能鉴定相关工作。

从2021年开始，健康管理师证书退出了国家职业资格目录，由人社部和第三方用人单位联合发证 ，现在的证书是在国家职业资格证的网站可以查到的。