健康管理师证书可以抵扣个税，根据《个人所得税专项附加扣除暂行办法》规定，纳税人接受技能人员职业资格继续教育、专业技术人员职业资格继续教育的花费，在取得相关证书的当年，按3600元标准扣除 ，考取健康管理师证书能使用“继续教育”参加申报抵扣个税。