健康管理师证书是由国家卫生健康委员会人才交流服务中心负责该职业的职业技能鉴定相关工作，是该职业国家职业资格唯一的认证单位。 2005年12月，劳动和社会保障部425号文件《关于同意将医疗救护员等2个新职业纳入卫生行业特有职业范围的函》将健康管理师列为卫生行业特有职业(工种)归入原卫生部进行管理。

自2006开始，健康管理师职业资格证书由人社部和卫计委两个部门同时颁发。 2018年后，健康管理师职业资格证书仅由国家卫健委人才交流服务中心鉴定颁发。