物流服务师证书颁发部门的填写方法如下：

1、物流服务师证书颁发部门应填写国家人力资源和社会保障部。

2、如果您是在学校学习物流服务，那么您的学校也可以作为颁发部门。

3、如果您是在企业工作期间获得了物流服务师证书，那么您的企业也可以作为颁发部门。