全过程工程项目管理师证书是由中国人力资源和社会保障部颁发的，主要是为了提高我国项目管理专业人员的素质，加强对项目管理专业人员的管理和监督。

目前，全过程工程项目管理师证书的颁发机构是中国人力资源和社会保障部。