心理咨询师证书是由国家卫生健康委员会(原卫生部)颁发的，根据《中华人民共和国国家卫生健康委员会令(第1号) 心理咨询师职业技能鉴定规范》规定，心理咨询师职业资格鉴定工作由国家卫生健康委员会负责组织实施，各省、自治区、直辖市卫生健康委员会协助开展。

根据《心理咨询师职业技能鉴定考试办法》，心理咨询师职业技能鉴定分为初级、中级和高级三个等级，考试合格者，由国家卫生健康委员会颁发相应的心理咨询师证书。