健康管理师证书的颁发流程是考生报名且成绩合格之后，相关事业单位审核后将证书给报考机构，然后再由机构将健康管理师证书发放，根据不同的地区和机构，考试时间和费用也会有所不同，健康管理师证书考试时间为3个月左右，费用在2000元到5000元之间。