健康管理师证的发证机关是人力资源和社会保障部，2005年10月，劳动和社会保障部第四批正式发布的11个新职业之一就是健康管理师，2005年12月，劳动和社会保障部425号文件《关于同意将医疗救护员等2个新职业纳入卫生行业特有职业范围的函》将健康管理师列为卫生行业特有职业(工种)归入原卫生部进行管理。