健康管理师证书的颁发是由卫生健康委员会负责的，但是自2021年起，卫健委不再参与健康管理师的报考鉴定工作了。

目前，健康管理师证书已经退出了职业资格目录，但是在健康管理师退出职业资格目录后，改为了由人社部和第三方机构共同颁发。